Świątynia została zbudowana w latach 1714-1727 dla zakonu jezuitów w miejscu wcześniejszej gotyckiej świątyni, która pełniła kolejno funkcje kościoła klasztornego franciszkanów i kościoła zboru kalwińskiego w Legnicy.
Kościół stanowił w XVIII wieku część kompleksu zabudowań kolegium jezuickiego. Uległ poważnym zniszczeniom podczas katastrofy budowlanej w 1744 r. Odbudowany na początku XIX wieku służył jako świątynia parafii rzymskokatolickiej w Legnicy. Po II wojnie światowej przekazany wraz z przyległymi budynkami klasztornymi zakonowi franciszkanów. W 1966 r. kościół uległ uszkodzeniu na skutek pożaru. W latach 60. i 70. XX wieku gruntownie wyremontowany.
